Em ông là Trần Danh Lâm cùng ông đỗ đạt trong khoa cử và cùng làm đại thần trong triều, rất có danh tiếng. Con trai thứ tư của Trần Danh Ninh là Trần Quang Trạch nổi tiếng là thần đồng, năm 13 tuổi đã làm Nội học sĩ, năm 15 tuổi đã cùng sứ nhà Thanh xướng họa, được người đời gọi là Trạng nguyên[2].